Los errores habrían sido subsanados antes del viaje trágico pero algunos inconvenientes se repitieron antes de la última comunicación con tierra.
El comandante del ARA San Juan, capitán de fragata Pedro Martín Fernández, había detectado una serie de fallas en varios sistemas del submarino ARA San Juan durante unas pruebas realizadas cuatro meses antes del viaje que terminó con la desaparición de la embarcación.
El viaje desde la base naval en Mar del Plata evidenció que funcionaba un solo periscopio, que existía un «ruido permanente en la línea de eje» y que fallaba el sistema de propulsión. Durante una maniobra de snorkel ingresó agua de mar al ventilador de batería en el sector de proa, un problema advertido el 15 de noviembre, último día de contacto del ARA San Juan con la base.
Todas las anomalías fueron comunicadas por Fernández al capitán de navío Claudio Javier Villamide, quien en un informe sostuvo que las fallas fueron subsanadas. Villamide añadió que el propio capitán del submarino había ratificado que el buque estaba habilitado y en condiciones de navegar, al presentar el Índice de Calificación de Estado de Material (ICEM).
La información, citada por el diario La Nación, ya se encuentra en manos de la Justicia en la causa que investiga las razones de la desaparición del submarino.